Zavod održava nastavu iz kolegija Fizika i izbornu nastavu iz kolegija Membranski transport tvari i informacija i Biostatistika. Uredi djelatnika Zavoda smješteni su u ulici Ante Kovačića 1 (II. kat), a u sklopu Zavoda su i prostorije Laboratorija za slobodne radikale (podrum) i Vježbaonica iz fizike (III. kat). Znanstveni rad Zavoda temelji se na primjeni elektronske paramagnetske rezonancije (EPR) u istraživanju slobodnih radikala u biološki interesantnim sustavima.

Zavod izvodi nastavu iz predmeta Opća kemija sa stehiometrijom i Metaloporoteini – struktura i mehanizam. Na poslijediplomskim studijima Fakulteta Zavod izvodi nastavu iz predmeta Kemijska kinetika u farmaciji. Zavod je smješten u ulici Ante Kovačića 1 i to na I. katu (uredi djelatnika Zavoda i znanstveni laboratoriji) i u podrumu (ured tehničke suradnice i studentski laboratorij).

Kemijski zavod za visokoškolsku nastavu za farmaceute izgrađen je 1882. god. na današnjem Strossmayerovom trgu 14 pri tadašnjem Mudroslovnom fakultetu.

Djelatnici Zavoda za fizikalnu kemiju izvode nastavu iz kolegija Fizikalna kemija i Fizikalne kemijske metode u biomedicinskim istraživanjima za studente farmacije i medicinske biokemije.

Zavod za farmaceutsku botaniku smješten je u jednoj od dviju zgrada Farmaceutskog botaničkog vrta koji nosi naziv svog osnivača prof. dr. Frana Kušana. Zavod i vrt osnovani su 1947. na području sjevernog dijela Zagreba, lokaciji povoljnoj za uzgoj velikog broja domaćih i stranih biljnih vrsta s vrlo različitim ekološkim uvjetima. smještaj i plan vrta Zavod za farmaceutsku botaniku s Farmaceutskim botaničkim vrtom "Fran Kušan" je središnja ustanova za istraživanje biologije ljekovitih biljaka i nastavu farmaceutske botanike u Hrvatskoj. Zavod je osnovan 1945. god. na inicijativu prof. dr. sc. Frana Kušana prilikom uspostavljanja Farmaceutskog fakulteta. Od 1952. godine Zavod izdaje vlastitu publikaciju “Delectus seminum”, koju razmjenjuje s oko dvije stotine drugih botaničkih vrtova diljem svijeta.

Zavod za Farmaceutsku kemiju smješten je u ulici A. Kovačića 1, na II. katu. Na Zavodu se provodi nastava iz kolegija Farmaceutska kemija i Biokemija lijekova za studente dodiplomskog studija. Zavod organizira i poslijediplomsku nastavu koja uključuje predmete Dizajniranje novih lijekova i Biokemijske osnove toksičnosti endobiotika i ksenobiotika.

Zavod je smješten u Domagojevoj ulici 2 i to u mezaninu, I. katu i podrumu (apoteka). Zavod za farmaceutsku tehnologiju je jedini zavod te vrste u Republici Hrvatskoj i od svog početka provodi nastavu iz osnovnih tehnoloških kolegija za studente farmacije III. i IV. godine studija. Današnja diplomska nastava odražava trenutno stanje u farmaceutsko-tehnološkim disciplinama. Zavod organizira i poslijediplomsku nastavu.

Predstojnik zavoda: doc. dr. sc. Lidija Bach-Rojecky

Zavod je smješten u Domagojevoj ulici 2 na II katu gdje se nalaze studentski praktikumi, znanstveni laboratoriji, sobe za nastavnike i zavodska knjižnica, te na IV katu gdje se nalazi praktikum iz hematologije i novoutemeljeni laboratorij za uzgoj staničnih kultura. Dodiplomska nastava se sastoji od 15 kolegija i 15 praktikuma za studente Studija medicinske biokemije, te 3 kolegija i 3 praktikuma za studente Studija farmacije. Zavod organizira i poslijediplomsku nastavu iz Medicinsko-biokemijskih znanosti.

Zavod za biokemiju i molekularnu biologiju, najmlađi zavod Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta, utemeljen je 1995. godine. Zavod organizira dodiplomsku nastavu iz predmeta Stanična biologija s osnovama genetike, Biološka kemija, Struktura i funkcija proteina, Bioenergetika, Molekularna biologija, Genetičko inženjerstvo, Fizikalna biokemija, Preparativna i analitička biokemija.

Sudjeluje u izobrazbi studenata FBF-a dajući im znanja o biokemiji prehrane i dijetoterapiji odnosno upoznaje ih s metaboličkim potrebama organizma na hranjivim i zaštitnim komponentama, njihovim interakcijama i biološkoj iskoristivosti nastalih produkata, mogućim interakcijama lijekova i komponenata hrane te o mehanizmima djelovanja protektivnih i antinutritivnih komponenata.

Zavod za mikrobiologiju osnovan je na Farmaceutsko-biokemijskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu 21. lipnja 1973. U Zavodu se izvodi nastava iz dodiplomskih i poslijediplomskih predmeta studija farmacije i medicinske biokemije. Zavod za mikrobiologiju je smješten u fakultetskoj zgradi u Farmaceutskom botaničkom vrtu "Fran Kušan", na prvom katu.