Zavod za farmaceutsku botaniku smješten je u jednoj od dviju zgrada Farmaceutskog botaničkog vrta koji nosi naziv svog osnivača prof. dr. Frana Kušana. Zavod i vrt osnovani su 1947. na području sjevernog dijela Zagreba, lokaciji povoljnoj za uzgoj velikog broja domaćih i stranih biljnih vrsta s vrlo različitim ekološkim uvjetima.
Zavod za farmaceutsku botaniku s Farmaceutskim botaničkim vrtom "Fran Kušan" je središnja ustanova za istraživanje biologije ljekovitih biljaka i nastavu farmaceutske botanike u Hrvatskoj. Zavod je osnovan 1945. god. na inicijativu prof. dr. sc. Frana Kušana prilikom uspostavljanja Farmaceutskog fakulteta. Od 1952. godine Zavod izdaje vlastitu publikaciju “Delectus seminum”, koju razmjenjuje s oko dvije stotine drugih botaničkih vrtova diljem svijeta.
U okvirima svoje djelatnosti Zavod od svog osnutka razvija i suradnju sa drugim institucijama prije svega u svrhu šireg povezivanja i koordinacije rada na području botaničkih znanosti različitog usmjerenja i primjene. Tako je od 1960. do 1975. god. Zavod za farmaceutsku botaniku djelovao, u okviru Instituta za botaniku Sveučilišta kao posebni Odjel za eksperimentalnu sistematiku s pokusnim poljem. Zavod surađuje sa Botaničkim zavodom Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, sa Institutom “Ruđer Bošković”, Šumarskim fakultetom, Poljoprivrednim fakultetom kao i sa drugim zavodima unutar Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta u Zagrebu. Zavod je isto tako sudjelovao u osnivanju , izgradnji i održavanju Velebitskog botaničkog vrta zajedno sa Zavodom sa zaštitu prirode SRH, Šumarskim fakultetom i Šumarijom Senj.
U svom razvoju Zavod za farmaceutsku botaniku sa Botaničkim vrtom "Fran Kušan", osnovanim kao baza za znanstveno-istraživački i nastavni rad na Farmaceutsko-biokemijskom fakultetu prerastao je po svom obliku i sadržaju tu svoju prvobitnu namjenu i razvio se u svojevrsni kulturni i prosvjetni objekt odnosno ustanovu, jedinstvenu u ovom dijelu Europe. Zbog toga je Republički zavod sa zaštitu prirode SRH stavio 1969. god. Botanički vrt Zavoda za farmaceutsku botaniku, pod posebnu zaštitu kao "Spomenik prirode (spomenik vrtne arhitekture- botanički vrt)" i uveo ga u posebni registar zaštićenih objekata. Iste godine Zavod je dobio Diplomu i Zlatnu medalju na Sajmu cvijeća-69 za introdukciju domaćeg ljekovitog bilja za potrebe hortikulture.
Znanstvena se djelatnost tijekom zadnjeg desetljeća mijenja u skladu sa svjetskim trendovima. Tako se osim klasičnih florističklh, fitocenoloških i uopće geobotaničklh istraživanja, uvode biokemijska, molekularno-genetička i kemotaksonomska istraživanja autohtonih vrsta hrvatske flore. Istraživanja se zbog prostorne skučenosti uslijed preseljenja Zavoda za mikrobiologiju Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta na I kat Zavodske zgrade trenutno izvode u suradnji sa Zavodom za farmaceutsku kemiju našeg Fakulteta, Institutom “Ruđer Bošković”, “Plivom” i “Institut für Pharmakognosie der Karl-Franzens-Universität Graz. U planu je osposobljavanje dijela podrumskih prostorija za uređenje znanstveno-istraživačkog laboratorija što će pridonijeti razvoju ove zanimljive interdisciplinarne grane botanike.